ネットワーク可視化ツールの紹介：基本操作編
2008.12.04 Thursday 12:30
井庭 崇
今回は、ネットワーク可視化ツール「Cytoscape」の基本操作について解説する。取り上げるのは、データの準備、データの読み込み、ネットワークのレイアウト変更、ネットワークの画像出力、セッションの保存、という一連の作業。画像もたくさん載せるので、かなりわかりやすいはず！
■データの準備
まず、可視化したいネットワークのデータを用意する。「ネットワーク」を可視化したいので、どの「ノード」(node)とどの「ノード」が「リンク」(link)で結ばれているのかを、個別に指定しなければならない。また、ネットワーク分析においては、個々のリンクの重み（強度）が重要になることがあるので、そのような情報も盛り込む必要がある。
Cytoscapeで読み込めるデータの形式にはいろいろあるが、僕らは普段、次のような形式でデータを用意している。どのノードとどのノードをリンクでつなげるのかということと、そのリンクの重みがどのくらいか、ということを、ずらっと書いていくのだ。テキストフォーマットとしては、カンマ区切りのcsv(comma separated value)形式だ。
リンク元のノード名,リンク先のノード名,リンクの重み
リンク元のノード名,リンク先のノード名,リンクの重み
リンク元のノード名,リンク先のノード名,リンクの重み
リンクに「向き」がある「有向グラフ」(directed graph)の場合には、１列目のノードから、２列目のノードへとリンクが張られる。リンクに「向き」がない「無向グラフ」(undirected graph)の場合には、１列目と２列目の順番は意味をもたない。
なお、実データを用いるときには、ノード名の一部に半角のカンマ「,」が入っていないかを確認しよう。データを読み込んだ時に、誤った区切り方で読み込まれてしまうので、事前のデータクリーニングが重要となる。
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